Theo gia phả dòng họ Phí, họ Lê, họ Nguyễn và một số dòng họ khác trong làng cho biết khi xưa nơi đây hoang hoá bắt đầu là họ Phí, họ Lê, họ Nguyễn rồi mới đến các họ khác đến khai khẩn và sinh sống tại làng này. Theo gia phả họ Phí thì dòng họ Phí đã sinh sống ở làng này gần 400 năm. Tài liệu mà cụ trưởng tộc họ Phí, trưởng tộc họ Lê, Họ Nguyễn và các cụ cao tuổi trong làng xác nhận rằng nghè ngày xưa ở vị trí đầu làng nhưng sau đó khu vực này là khu vực trũng nước, thường xuyên phải chịu lũ lụt. Cuối thế kỷ XIX đầu thế kỷ XX, các cụ đứng đầu là họ Phí, họ Lê, họ Nguyễn, đã vận động các dòng họ khác trong làng di chuyển nghè về vị trí núi Phượng Hoàng làng Phượng Lĩnh. Từ đó, nghè tồn tại ở vị trí đó cho tới ngày nay.

Theo các cụ cao niên trong làng kể lại lúc đầu nghè mới xây dựng hậu cung trước sau đó một thời gian mới xây tiền đường. Theo thượng lương thì tiền đường được xây dựng vào đời vua Duy Tân, tức là khoảng năm 1907 - 1916, cách ngày nay khoảng trên dưới 100 năm.

Toàn bộ công trình nghè có kết cấu hình chữ Công (I). Tổng thể không gian kiến trúc của Nghè Phượng Lĩnh hiện nay gồm có cổng, sân, nhà tiền đường và hậu cung.

Cổng nghè: Theo các cụ truyền lại thì trước kia cổng nghè cao hai tầng mái có chuông trông rất bề thế. Trong những năm chiến tranh phá hoại của đế quốc Mỹ, cổng nghè đã bị bom phá sập. Năm 1990, cổng được dân làng Phượng Lĩnh xây lại cổng gồm có 3 cửa bằng gạch và xi măng, cửa giữa rộng 1,5m, hai cửa bên mỗi của rộng 1,1m, bên trên đổ mái bằng.

Sân: Qua cổng theo Đường thần đạo rộng 4,5m dài 10m được lát gạch đất nung 20cm x 20cm. Tiếp giáp với đường thần đạo là sân được đổ bê tông mở rộng mỗi bên 7m. Hết đường thần đạo lên bậc tam cấp. Bậc tam cấp: gồm có 12 bậc, rộng mỗi bậc là 20cm, cao 18cm. Mặt tam cấp được lát gạch đất nung (20cm x Nhà 20cm).

Kết cấu chính của nghè gồm Tiền đường - Ống muống - Hậu cung.

Tiền đường: Quay mặt hướng Tây Nam, kết cấu gồm 5 gian trong đó có 3 gian là công trình cũ và 2 gian bên mới được xây nối thêm năm 1990.

Nhà tiền đường gồm 5gian (6 bộ vì kèo gỗ) kết cấu các bộ vì như sau:

Vì thứ nhất và vì thứ 6 đăng đối nhau, gồm 4 hàng cột, liên kết các cột là xà với kết cấu đơn giản. Vì thứ 2 và vì thứ 5 giống nhau về kết cấu: Gồm 5 hàng cột, trong đó cột hiên bằng đá vuông 0,15m, cao 1,7m. Chân tảng vuông 0,28m, bát vuông 0,21m. Cột hiên đến cột quân rộng 1,2m liên kết cột hiên với cột quân là con ngang, trên con ngang là ván mê được khắc trang trí phượng chầu chạm rõ sắc nét uyển chuyển. Từ cột quân đến cột cái trước dài 1,75m, liên kết cột quân với cột cái là con ngang. Con ngang một đầu gác lên cột quân, đầu còn lại gắn vào thân cột cái. Trên con ngang là hệ thống con rường các con rường đều được chạm khắc vân mây uốn lượn, nét chạm tinh xảo, khoảng cách giữa trụ và cột cái là một khuôn tranh hình rồng uốn lượn trong mây. Ở phía trong của con rường có tạo ra một khuôn tranh hình phượng chầu. Từ cột cái đến cột quân trước là hệ thống kẻ bẩy, trên kẻ bẩy là ván nong. Từ vị trí đầu cột quân sau có xà ngang gắn vào thân cột cái tạo nên bộ khung vững chãi cho công trình.

Vì thứ 3 và vì thứ 4 giống nhau về kết cấu: Mỗi vì có 5 hàng cột. Liên kết cột hiên với cột quân là con ngang, trên con ngang là ván mê (cốn) bức cốn cả hai mặt đều được chạm khắc cách điệu hình rồng toàn thân uốn lượn có những đoạn ẩn trong mây, chạm rõ sắc nét. Từ cột quân đến cột cái là con ngang, một đầu gắn với đầu cột quân, đầu còn lại gắn vào thân cột cái. Hệ thống con rường cũng tương tự như vì 1 và vì 5 nhưng phần ván mê thì để trống.

Ống muống: Nối nhà tiền đường và hậu cung là ống muống phần tiếp giáp tiền đường là máng đá, máng rộng 0,54m, thành máng cao 0,21m, đỡ máng là 4 cột đá, cao 1,58m vuông 4 mặt. Trên thân 4 cột đá này có đôi câu đối bằng chữ Hán.

Sau cột đá là cửa, cửa giữa r���ng 0,93 m cuốn vòm. Từ cửa giữa đến tường rộng 0,53m đến cửa hữu rộng 0,82m, cao 1,6m. Sau cửa là hè (ống muống) dài (sâu) 1,2m, rộng 3,3m. Từ cửa ngoài đến cửa trong được xây cuốn vòm, tiếp đến tường hậu cung cũng là hệ thống cửa. Phía trên cửa giữa có hàng chữ đắp nổi bằng chữ Hán nội dung: “Thánh cung vạn tuế.”

Hai bên tư���ng cửa tả, hữu được vẽ trang trí đôi rồng chầu đang ẩn trong mây. Phía trên cửa có 4 bậu cửa bằng đá để lắp cửa bức bàn ngăn cách hậu cung với bên ngoài nhưng nay hệ thống cửa này không dùng.

Hậu cung: Trần hậu cung được cuốn vòm, mái lợp ngói mũi hài. Kích thước rộng 3,4m; sâu 2,2m, vòm trần cao 2,3m.

Hệ thống ban thờ:

Ngày xưa các ban thờ đều có hương án bằng gỗ nhưng qua thời gian đã bị hư hại nên đến năm 1990, dân làng đã xây dựng mới hương án bằng ban thờ bê tông phía trên lát gạch.

Ban thờ hội đồng: Dài 1,85m, rộng 1,27, cao 0,80m trên ban thờ gồm có: bát hương; mâm bồng; bình hương (hoa); đài nước; khay mịch; chân nến; bộ tam sự đồng. Long ngai giao ỷ cao 90cm, rộng chân 45cm, sâu 34cm và bình hương.

Ở gian ống muống có hai ban thờ hộ pháp ở hai bên: Bên tả có ban thờ Quan văn ban thờ được cuốn vòm ẩn sâu trong tường, ban thờ cao 80cm sâu 70cm, rộng 96cm, trên ban thờ này có hai chân nến; 1ống hoa, 3 đài nước; 1 tráp; 1 mâm bồng; 1 bát hương sứ; 2 chân nến (đèn); 1 khay mịch. Bên hữu có ban thờ Quan Võ kích thước giống ban thờ Quan Văn, trên ban thờ gồm 1 bát hương sứ, chân nến; 3 mâm bồng; 3 đài nước; 1 khay mịch.

Ban thờ trước cửa hậu cung cao 80cm; rộng 1m, sâu 80cm (ban thờ này mới được đưa vào nghè năm 1990). Ban thờ gồm có 1 bát hương sứ; 1 bộ tam sự bằng bồng, 1 mâm bồng, 3 đài nước; 1 khay mịch; 1 bình hoa sứ hình lục lăng, l gương thờ.

Ban thờ Thần Hoàng ở hậu cung gồm có 2 lớp:

Lớp ngoài (dưới) có mâm bồng, 1 bảng văn cao 40cm, chân bảng văn có chạm khắc hình 2 con hổ chầu, 1 bát hương, bộ tam sự bằng đồng, 3 đài nước; 1 hộp đựng nghiên gỗ; 1 tráp đựng văn tay cầm được chạm hình rồng, 1 ghế đôn; 1 nghiên mài mực bằng đá.

Lớp trong (trên) gồm có một khám thờ bằng gỗ được lồng kính cao 2,5m, rộng 0,83m, sâu 82m, khám được xoi gờ chỉ có kính ba mặt trên thân mặt trước các đố đều được chạm hoa văn hình dây leo, thân đố trên khắc hình “Lưỡng long chầu nhật.” Phần mái cong phía trên cũng là đôi rồng chầu nhật. Nét chạm trổ tinh, rõ ràng, sắc nét. Trong khám có một long ngai giao ỷ và một thần vị, thần vị được khoác một tấm áo đỏ.

Hiện vật còn lại trong di tích:

Hiện vật cổ trước đây còn lại:

Hiện vật gỗ

Chân nến 2 cây, bảng văn, 1 cái hộp đựng nghiên, 1 cái mâm bồng, 5 cái tráp đựng văn, 1 cái ghế đôn, 1 cái khám thờ, 1 cái long ngai giao ỷ hai, 1 cái thần vị, 1 cái bao dai, 1 cái tráp đồng văn, 1 cái đại tự, 1 bức long ngai, 2 cái (còn nguyên và một số đồ thờ cổ bị hư hỏng hiện nay chưa được đưa lên bàn thờ).

Hiện vật giấy, vải: Sắc phong 15 cái (14 cái lành và 1cái rách).

Hiện vật mới được đưa vào:

Áo bào đỏ, 1 bộ chân nến (đèn), 7 cái mâm bồng, 3 cái đài nước, 17 cái bát hương sứ, 5 cái bình hương (hoa), 6 cái khay mịch, 4 cái bộ tam sự bằng bồng: 3 bộ.